Buenas tardes Salander, lo primero antes de contestarte MIS MEJORES DESEOS !!!!!
Evidentemente no te hablo desde mi experiencia, ya que sería bastante complicado
por eso de que soy un tio, pero mi mujer, que es técnico de relaciones laborales, me ha aclarado algunas cosas que espero que te sirvan, ahí voy.......
1º El tema de la baja durante el período de medicación: Las bajas médicas no se pueden pedir, es decir, te las dá el médico y como tu misma has escrito "ya les he dicho a los médicos el trabajo que tengo y las tareas que realizo, para lo cual me han dicho que sin problema, vida normal durante el tratamiento hasta el resultado (un mes en total, 15 días de medicación y otros 15 días de espera hasta saber el resultado)." por lo que no creo que el médico te la dé, asi que en este supuesto lo único que podrías hacer sería cogerlos de tus vacaciones. Si te decides a seguir trabajando te recomiendo que tu médico te realice un informe o escrito donde, sin dar ningún tipo de información a la empresa, quede reflejado que deberás realizarte una prueba cada 2 días y a ser posible la hora para que la empresa pueda adaptar los cuadrantes (no conozco la normativa interna de la empresa, pero cuanto antes se lo presentes a tu empresa menores inconvenientes tendrás).
2º La baja por maternidad: Diferenciar dos cosas; la baja de maternidad propiamente dicha, que son 16 semanas (4 meses) que se reparten indistintamente entre el padre y la madre a libre elección a excepción de las 2 semanas siguientes al parto que son exclusivas y obligadas por la madre. La baja en este caso es del 100% y la empresa no te puede poner ninguna pega durante esta baja, aunque dure las 16 semanas, ya que está bonificada para contratar a otra persona para sustituirte si quiere.
Y por otro lado una baja médica por embarazo de riesgo, que volvemos a lo mismo te la dá el médico, pero, espero sinceramente que no la merezcas nunca, ya que implica un reposo absoluto en cama en algunos casos por un riesgo de aborto real y alto.
Lo que si es cierto es que, si tu puesto de trabajo implica un riesgo para la salud de tu bebé y la empresa no toma la decisión de cambiarte de puesto (es raro que no lo hagan) puedes solicitar un puesto de trabajo más acorde a tu estado y no se pueden negar a concedertelo, si lo hiciesen no dudes en solicitar un informe a tu médico en el que deje claro lo que no puedes hacer (estar cerca de máquinas de rayos X, excesivas horas de pie, zonas de conflicto, etc)
3º Tu gran duda: Las vacaciones no disfrutadas dentro del año; Ya sabes que en condiciones normales las vacaciones no disfrutadas dentro del año no pasan a otro año y la empresa no está obligada a pagarlas, pero si ha sido por estar de baja es diferente, normalmente se suele hablar con la empresa y llegar a un acuerdo.
Espero que te haya servido de algo mi explicación. Un saludo y suerte.